Khu vực của Misato ngày nay là một phần của tỉnh Dewa, được cai trị bởi gia tộc Satake trong thời kỳ Edo, người đã cai trị vùng Kubota dưới thời Mạc phủ Tokugawa. Thành phố hiện đại Misato được thành lập vào ngày 1 tháng 11 năm 2004, từ việc sáp nhập các thị trấn Senhata, Akita Senhata và Rokugō với làng Sennan.